Solo 3 anni dopo la sua ordinazione sacerdotale in Italia, avvenuta per le mani di mons. Jean Guy Rakotondravahatra, vescovo della diocesi di Ihosy, p. Gianluigi partiva per la missione del Madagascar dove lavoravano dal 1962 alcuni missionari della sua Comunità. È stato inviato come dono di una comunità cristiana alla diocesi di Ihosy per continuare la presenza e l’evangelizzazione dei missionari di san Vincenzo de Paoli.
Arrivato in Madagascar il 10 ottobre 1983, incominciava la sua missione a Ivohibe (con p. Reviglio Aldo che nei primi mesi gli insegnò la lingua malgascia) nella parte est della diocesi, occupandosi delle piccole comunità cristiane sparse nei villaggi di campagna e della formazione dei giovani, fino al mese di agosto 1988.
In In seguito fu trasferito come parroco a Betroka, dove iniziò un intenso lavoro pastorale in stretta collaborazione con i laici, i sacerdoti e particolarmente i seminaristi durante il periodo di Natale, Pasqua, e in estate. Con alcuni seminaristi, in modo particolare Tsangandahy Vincent (ordinato 
nel 1990 nella parrocchia di Betroka dove p. Colombi era parroco), Emile Maurice (ordinato nel 1992), Etienne e Roger (ordinati nel 1996 e che ora studiano a Roma) ed altri ancora, p. Gianluigi riusciva ad animare con fervore e passione le numerose comunità ecclesiali ed a contattarne di nuove.
Un esempio tipico di questa sua vocazione ed animazione missionaria era la preparazione del venticinquesimo anniversario dell’inizio della diocesi nel 1992, attraverso l’organizzazione di tre sinodi successivi, per i bambini (1989-1990), i giovani (1990-1991) e gli adulti (1991-1992). Nella sua parrocchia a Betroka il sinodo dei bambini corrispondeva all’anno in cui era stato ordinato sacerdote Tsangandahy Vincent, con le celebrazioni eucaristiche ben preparate e danzate da centinaia di bambini animati dai diversi seminaristi ed educatori, con la partecipazione di tutte le comunità della diocesi e di quelle delle diocesi del Madagascar. Gli piaceva proprio essere con la gente, con i giovani, soprattutto con i bambini. Con questi ultimi, infatti, la messa quotidiana durava sempre più di un’ora e la domenica durava almeno due ore e mezza. Gianluigi viveva sempre con la sua comunità, gli piaceva imparare il loro modo di vivere, di parlare, di comportarsi, imitando in questo modo l’apostolo Paolo nel farsi tutto a tutti.